ダークネスバグラモンとの戦いから1年。
平和になった人間世界で、タイキは後輩となったユウとタギルと共にバスケットチーム「クロスハート」を組んでいた。
ある日、タイキは試合の帰り道で空間がゆらぎ、謎のモンスターの影を目撃する。
その直後、謎の少年・レンと少女・アイルに攻撃される。
不意の出来事に驚くタイキにエリート風の男・リョウマが現れ、宣言する。
「あなたは我々の間では特別な人間だ。でも関わらないでください。これから街が色々騒がしくなりますけど」
オレたちだけのゲームが始まる…謎めいた言葉を残し、3人は去ってしまう。
翌日、下校していたタギルは新しいゲームで勝負をしようとゲームセンターへユウを誘う。
ところが、そのゲームセンターの中で遊んでいる子供達がデジタル映像化されたかのようになっていく。
異変を感じるタギルの耳元に死にかけのデジモン・ガムドラモンの声が聞こえた。
空間のゆがみを発見したタギルはそのまま、その中へ吸い込まれてしまう。
タギルが辿り着いたのは人間界とは別な時間が流れている、デジモン達の世界「デジクオーツ」のゲームセンターだった。
うずくまるガムドラモンに襲いかかるメタルティラノモン。
その威圧感に思わず魅入ってしまうタギル。
そこにリョウマ達が現れ、メタルティラノモン相手にデジモンハントを始める。
その様子にすっかり夢中になるタギルにリョウマは「クロスローダーに出会えたらハンターになれる」と告げる。
しかし、自分ひとりではどうすればいいかわからないタギルに再びガムドラモンの声が聞こえてくる。
「おれっちが他のデジモンを倒して力を手に入れるには人間の力が必要だ。手ぇ組もうぜ」
こうして、ガムドラモンと手を組む事になったタギルは、デジモンハントの始まりの場所である時計店へ向かう。